Procapitales cuenta con una Asamblea General de Asociados como órgano supremo de decisión; un Consejo Directivo que ejerce como órgano de dirección de la Asociación, compuesto por hasta 20 integrantes; un Comité Ejecutivo, integrado por el presidente, los dos vicepresidentes y el gerente general; y una Gerencia General, que tiene a su cargo la administración diaria e inmediata de la Asociación.

Para el desarrollo de sus actividades, Procapitales cuenta con tres comités de trabajo sobre temas especializados, a saber:

• Comité de Asuntos Legislativos.
• Comité de Buen Gobierno Corporativo y Sostenibilidad.
• Comité de Asuntos Tributarios.